Corresponden a agrupaciones de pueblos amazónicos pertenecientes a las familias linguísticas Arawak, Pano, Takana y Harakmbut, claramente reconocidas a inicios del siglo 20 como originarias a la región. debe destacarse que el linguista Noble (1965), en base a proyecciones globo cronológicas, estima que los grupos de habla Harakmbut constituirían la población de mayor antiguedad en la región (Moore 1985). Debido a las correrias y dislocaciones tribales causadas por los caucheros, otras poblaciones indígenas amazónicas tienen presencia en la región, como los Shipibo-Conibo del Ucayali, otros integrantes a la familia linguística Arawak y Kichwa Runa del Napo, Pertenecientes a la familia linguística Quechua.
El Harakmbut es un solo idioma conformado por un conjunto de dialiectos comprensibles entre si. internamente se reconocen las particiones culturales de una misma colectividad con un pasado cultural común: Arakmbut (o Amarakaei), Wachipaeri, Aiweieri o ( Kisambaeri), Sapiteri (o Sireneri), Pukirieri, Arasaeri y Toyoeri (Pacuri y Moore 1993).
Otras localidades indígenas con población Harakmbut son las comunidades nativas de Santa Rosa de Huacaria y Queros, en el distrito de K’cosñipata, Provincia de Paucartambo, Departamento de Cusco.
A la familia linguística Arawak pertenecen -entre otros- los idiomas Matsiguenka, Yiné (o Piro) e Iñapri, presente en la región de Madre de Dios.
En la Provincia del Manu, los Matsiguenka corresponden a las actuales CCNN de Tayakome y Yomibato (Distrito de Fitzcarrald), dentro del Parque Nacional del Manu, así como a las comunidades nativas de Palatao-Teparo y Shipetiari (Distrito del Manu).Asimismo, en esta Provincia, los hablantes Yiné se localizan en las comunidades nativas de Diamante e Isla de los Valles.en la Provincia de Tahuamanu, un asentamiento Yiné reconocido como comunidad nativa es Bélgica.
En la Provincia de Tambopata, la comunidad nativa de Shiringayoc reúne individuos de tres familias linguísticas, Harakmbut, Pano (Amahuaca) y Tacama (Ese’eja). una situación similar ocurre en la comunidad nativa (misión dominica) de El Pilar, que reúne población indígena Takana (Ese’eja), Arawak (Matsiguenka) y Pano (Shipibo).
POBLACIONES INDIGENAS RURALES DISLOCADAS Y FRAGMENTADAS
En las localidades de Bajo Punkiri Puerto Carlos viven algunas familias Harakmbut que no forman parte de otras comunidades nativas Harakmbut reconocidas.
En el actual asentamiento Oceanía, Distrito de Iñapari, Provincia de Tahuamanu, se han reubicado algunas familias Yiné que proceden de un desprendimiento de la comunidad nativa de Bélgica.
En la localidad de Alerta, residen numerosas familias Kichwa Runa, originarias del río Napo, remanentes de los contingentes traídos por caucheros (Rummenhoeller 1988).
En el río Tacuatimanu, en el actual asentamiento Monte Salvado, se ubican algunas familias Yiné procedentes de Miaría, en el Urubamba. Emigraron de dicha comunidad al curso medio del río Las Piedras, por distintos factores (contexto de violencia, afanes evangelicos incentivados por el ILV; acceso a madera, etc.). Corresponde a un grupo de población indígena con una fuerte articulación a la economía de mercado.
Existen aún pocas familias Iñapari. Sobre los Iñapari se puede referir lo siguiente, de acuerdo a CORDEMAD. Han ocupado desde el siglo pasado, por lo menos, el río Las Piedras y el de Los Amigos. Provendrían del territorio del Acre (actualmente Brasil) y desde Bolivia. En la localidad de Iberia y hasta en Puer Maldonado hay familias de origen Iñapari ya asimiladas o amestizadas.
Los iñapari fueron de los pueblos que sufrieron fuertemente los efectos de masacres y enfermedades durante la época del caucho, siendo casi totalmente exterminados. Actualmente, sólo hay un remanente Iñapari formado por un pequeño grupo de mujeres, casadas con mestizos en Sabaluyoc, río Las Piedras.
POBLACIONES RIVEREÑAS
En el caso de los indígenas ribereños, segmento de población que en otras regiones amazónicas tiene gravitación socio-economica, política y cultural, en la región de Madre de Dios no ocurre ello. Residiendo en localidades conformadas mayormente por poblaciones mestizas, existen familias mezcladas con origen Conibo,Witoto, Cocama, Lamista y Asháninka, entre algunos de los otros grupos etnolinguísticos anteriormente mencionados. “Se pueden distinguir por apellidos que les han dado en misiones religiosas y por su estilo de trabajo de subsistencia, que produce mucho de los patroneseconómicos indígenas, aún cuando producen sistemáticamente para el mercado” (Moore 1996:19).
En la región de Madre de Dios el proceso de dislocaciones tribales y la ocupación de la misma región, principalmente por poblaciones migrantes mestizas, el impacto de las poblaciones ribereñas en la identidad cultural regional en Madre de Dios no ha adquirido la misma influencia que dichas poblaciones tienen en Loreto, Ucayali y San Martín.
INDIGENAS URBANOS
Incluye a jóvenes y algunas familias de origen Shipibo (Arawak), Toyoeri (Harakmbut), Ese’eja (Takana). Residente principalmente en Puerto Maldonado, por razones de estudio, servicio militar o trabajo, pero con vínculos a sus familias en diversos territorios indígenas de Madre de Dios. Incluye, además, a dirigentes de la Federación Nativa del río Madre de Dios y afluentes (FENAMAD).